消化内科是我院重点学科之一，有着悠久的历史和优良的文化传承。由我国著名的消化病学专家巫协宁教授始创于1985年,经过半个世纪几代消化科医生的艰苦努力，学科发展进入新的历史阶段。现是上海交通大学博士学位授予点和博士后流动站、卫生部消化内镜培训中心、卫生部住院医师和消化专科医师规范化培训基地、CFDA认定的国家药物临床试验专业、上海市胰腺疾病重点实验室和上海交通大学炎症性肠病诊治中心依托单位，也是中华医学会消化病学分会常务委员、中华医学会肝病学分会副主任委员、中华消化病学会胰腺疾病专业学组组长、中国肝炎防治基金会理事、上海市医师协会消化医师分会会长和上海市消化学会和肝病学会副主任委员所在单位。
在老一辈消化病学家巫协宁教授、王国良教授和学科带头人王兴鹏教授的引领下，学科形成了以陆伦根、万荣、曾悦、胡国勇、李百文和蔡晓波等教授为主的一支技术力量强、业务精湛、作风优良的学科团队，科室拥有一批著名的专家教授，并有大批具有硕士、博士学历的技术骨干。目前有医师45人（其中博士学位36人，硕士学位6人，正高职称8人，副高职称9人）。博士生导师5名（王兴鹏、陆伦根、万荣、曾悦和徐铭益），硕士生导师8名。学科带头人为王兴鹏教授，科主任陆伦根、北部执行主任万荣、副主任蔡晓波，南部副主任曾悦和李百文。北部内镜中心护士长夏菁，南部内镜中心护士长龚晓媛，北部病区护士长金立华，南部病区护士长杨红艳。
学科分南北两部，2个病区，123张核定床位。设有消化专科门诊以及脂肪肝、胃食管反流、胆胰、便秘和炎症性肠病等特色门诊专科医疗，接诊大量来自国内外的消化科病人。南北两部分别有近3000平方米现代化消化内镜诊治中心，可进行各类消化内镜诊疗技术，服务于临床。成立于2005年的上海市胰腺病重点实验室占地1000平方米，拥有2500万元的先进实验设备，以胰腺炎、胰腺癌和肠道微生态为重点研究对象，注重基础与临床结合，推动胰腺疾病的病因研究及临床诊治和转化研究。
我院消化科2019年出院人数6753人，门诊人数279624人次，平均住院天数6.2天。全年内镜诊断和治疗总数 79090例次，其中胃镜40662例，肠镜28817例，ERCP1615例，小肠镜126例，超声内镜1952例，胶囊内镜208例，ESD和EMR1984例，肝弹性超声1859例。        
学科目前分设胃肠疾病、胆胰疾病、肝病以及消化内镜诊治等亚专业，拥有先进的诊疗及科研设备，能开展各项专科项目并形成如下医疗特色：1.胰腺疾病诊治，特别是重症胰腺炎综合治疗、胰腺炎并发症的内镜新技术治疗和应用（双蘑菇金属支架及及EUS介导的NOTES相关技术应用）、胰腺癌早期诊断以及胰腺癌非手术治疗均居国内领先；2.消化系疾病介入治疗肝癌、胰腺癌、胆管癌、食管癌等消化系肿瘤，胆管、胰管、食管和胃肠狭窄及胆道胰管结石；3.幽门螺杆菌(Hp)相关疾病综合诊治；4.完成国内第一例内镜下胃底折叠术治疗胃食管反流病； 5.粪菌移植以及中西医结合治疗炎症性肠病；6.慢性乙型和丙型病毒性肝炎的抗病毒治疗、肝纤维化和脂肪性肝病早期诊治、自身免疫性肝病诊治、肝硬化及其并发症的诊治；肝脏弹性和脂肪衰减术诊断和评估肝脏的纤维化和脂肪变。这些医疗特色和方向均为国内先进水平，吸引了大量本地和外地患者。
学科始终注重内涵建设，拥有优秀的科研和教学团队，担任上海交通大学医学院和南京医科大学临床医疗系（五、七、八年制）本科生和研究生的内科消化病学和传染病学及诊断学的教学工作。已培养博士后2名、博士生40多名、硕士生60多名，这些学员毕业后大都已成为所在医院的医疗、科研、教学骨干。
在科学研究方面，学科的研究方向主要有：胰腺疾病的临床诊治及基础研究、肠屏障功能障碍在重症急性胰腺炎发病中的作用、内镜诊疗新技术研究、慢性肝病的早期诊断和评估及其并发症的诊治、粪菌移植、炎症性肠病诊治及消化道肿瘤的早期诊断和治疗等，形成了胰腺和胆道疾病、胃肠疾病、消化内镜诊治和慢性肝病的学科特色。现主持和完成承担国家科技部“863”、“973”、“十一五”和“十二五”重大专项、教育部新世纪优秀人才支持计划、卫生部重大科研项目及国家自然科学基金等国家级课题70余项，上海市科委和其他部委课题20余项。近年来获得国家自然科学基金项目56项，2019年获得7项国家自然科学基金项目。先后获得国家科技进步成果奖二等奖1项，上海市科技进步一等奖1项、三等奖4项、教育部科技成果二等奖2项、上海医学科技奖二等奖2项、中华医学科技奖三等奖2项。发表100余篇研究论文，包括国际著名医学杂志如Hepatology、GUT、J Hepatol、GIE、Endoscopy、Cancer Res、J Biol Chem、J Gastroenterol Hepatol等。负责起草了我国《急性胰腺炎诊治指南》、《重症急性胰腺内科诊治规范》、《慢性胰腺炎诊治指南》、《肠屏障功能障碍临床诊治建议》、《胆汁淤积性肝病诊治共识》和《肝纤维化诊断和治疗共识》等重要学术文件，在全国范围内对相关疾病的诊治规范起到积极推动作用。主编著作15部，获得发明专利10项。承办国家继续医学教育项目12项，受训1000多人次，接受外来医院进修医生68人次。多次在美国胃肠病学大会(DDW)、欧洲胃肠病学术大会(UEGW)、美国肝脏病学（AASLD）年会、欧洲肝脏病学年会（EASL）及亚洲胃肠病学和肝脏病学术大会以及中华医学会消化疾病学术大会上口头发言和学术交流，在国内外有较高的学术影响力。目前经常与美国、德国、比利时、日本、英国以及国内著名高校和医疗单位开展科研合作和学术交流。